Dengan berdasarkan Keputusan Walikota yogyakarta Nomor 558/Pem.D/BP/D.4 tentang Pengangkatan Pegawai Negeri Sipil Dalam Jabatan Pengawas di Pemerintah Kota Yogyakarta, maka Jajaran personil di Kemantren Gondokusuman juga mengalami penambahan dan  beberapa penggantian terhitung mulai tanggal 4 Januari 2021 dengan kelembagaan baru Kemantren Gondokusuman.

Dengan Kelembagaan Baru, maka susunan struktur organisasi dan perubahan penyebutan di Kemantren Gondokusuman adalah sebagai berikut :

1. Mantri Pamong Praja (penyebutan lama : Camat)

2. Mantri Anom (penyebutan lama : Sekretaris Camat)

3. Jawatan Umum (penyebutan lama : Seksi Pelayanan, Informasi dan Pengaduan)

4. Jawatan Keamanan (penyebutan lama : Seksi Pemerintahan dan keamanan ketertiban)

5. Jawatan Kemakmuran (penyebutan lama : Seksi Perekonomian dan pembangunan)

6. Jawatan Sosial (penyebutan lama : Seksi Pemberdayaan Masyarakat)

7. Jawatan Praja, merupakan jawatan baru